IGLOM se organiza, para cumplir sus objetivos y tareas, según las líneas de estudio e investigación de sus miembros. Actualmente (2003) y de manera relevante las líneas de reflexión, estudio y reflexión, y sus respectivos coordinadores y animadores son:

1. Federalismo y relaciones intergubernamentales, coordinada por Tonatiuh Guillén y Blanca Acedo.

2. Administración pública municipal, coordinada por Rodolfo García del Castillo.

3. Hacienda y finanzas públicas, coordinada por Enrique Cabrero.

4. Reforma del gobierno municipal, coordinada por Miguel Bazdresch Parada.

5. Desarrollo económico local, coordinada por Jesús Arroyo A.

6. Municipios indígenas y diversidad municipal, coordinada por Carlos Rodriguez W.

Cada línea de trabajo tiene una coordinación y un grupo de estudiosos interesados a quines se invita a colaborar en la coordinación de esfuerzos para actualizar la discusión y relevar el debate nacional. El trabajo de cada colaborador se asume inserto en las tareas de las instituciones en las que los miembros forman parte. Los coordinadores pueden variar en el tiempo y se deciden por consenso entre los miembros.